Расположена в устье реки Систы при впадении ее в Финский залив.
Упоминается в писцовых оброчных книгах Водской пятины 1500 года как “деревня на Усть-Систы у моря”. Входила она в состав Копорского уезда Каргальского погоста, Казимировской волости. В деревне было три двора, а жили в них крестьяне Ивашко Петров Кошель, Сменко Ивашков, Федко Волк. В первой половине XIX века (в 1838 году) в Систа-Палкино жило 259 человек (134 мужчины и 125 женщин). Принадлежала она статской советнице Юрьевой. В 1868 году деревней владеет уже надворный советник Дмитрий Васильевич Зиновьев, из старинного дворянского рода, породнившегося в XVIII веке с графами Орловыми.
В конце XIX века в деревне было 78 дворов и 468 человек жителей. Имелось земское училище (начальная школа). У крестьян было около 30 каботажных судов. К 1917 году в деревне было ~ 100 дворов и ~ 500 жителей. В 1931 году был организован рыболовецкий колхоз “Верный путь”. Во время войны деревня Систа-Палкино была оккупирована немецкими войсками и почти полностью разрушена.